Приближалась война, продолжительность рабочего дня была увеличена с десяти до четырнадцати часов. В июле конструкторское бюро эвакуировали, и 7 августа оно оказалось в Омске. Королёв даже в это время не оставлял своих идей о ракетной технике. Узнав о работах Глушко над ракетными двигателями, он обращается с ходатайством о переводе его в Казань. Осенью 1942 года Королёв прибыл в Казань и с новыми силами включился в работу.
В декабре этого же года он готовит план работ по реактивному ускорителю РУ-1 для самолёта Пе-2.
27 июля 1944 года было принято решение Президиума Верховного Совета СССР о досрочном освобождении специалистов 4-го спецотдела НКВД СССР, в котором под номер 18 значилась фамилия Королёва.